南门峡镇位于互助土族自治县县境西北部，北依祁连山支脉达板山，东接林川乡，南靠台子乡，西与大通县接壤。距互助县城威远镇15公里，省会西宁市45公里。境内海拔2750至4100米，年平均温度3—4℃，年平均降水量600毫米左右。