额济纳旗气候干燥，终年少雨且风沙较大，是我国沙尘暴的发源地，春天时黄沙满天。十月份早晚温差较大，白天气温可达20多度，晚上往往在10度以下。
额济纳旗气候特征属典型的温带大陆性气候，光能资源极为丰富，在国内仅次于青藏高原和新疆南部。干旱少雨，风大沙多，冬寒夏热，四季气候特征明显，昼夜温差大。有时会有沙尘天气，出行时应注意天气变化，多做准备。
每年的秋季是到额济纳旗旅游的最好时间，每年的十月初正是胡杨叶转红的时间，太早了胡杨叶没有变颜色，太晚了一起风叶子就会被吹落。在风和日丽的天气里，跟随骆驼队走进沙漠，可以欣赏到沙漠绿洲、神奇喷泉，如果幸运的话，还能看到神秘的海市蜃楼，完全的领略大漠的瑰丽奇美。春季多发沙尘暴，冬季过于寒冷，不适宜旅游。
国庆期间人太多，可以考虑10-15号左右，依然能看到大片的金黄色胡杨林。
