农三师四十六团位于新疆喀什地区麦盖提县东南16.5公里处。地理坐标为东经77芳38分－77度53分，北纬38度40分－38度53分。东西宽20公里，南北长32公里。是农三师最南缘的一个团场，团部距县城21公里。