吴屯乡位于武夷山市北部，东北部与岚谷乡、浦城县交界,南连上梅乡,西与城东乡、洋庄乡接壤。境内多山地,北部主岭岗海拔1471米,东部与上梅乡交界的大王山,海拔1554米,主要河流吴屯溪,为崇阳溪支流。