根据《自治区党委、自治区人民政府关于地（州、市）、县（市、区）党政机构改革的实施意见》（新党发〔2002〕4号）精神，设置焉耆回族自治县工商行政管理局（规格科级）。焉耆回族自治县工商行政管理局为巴音郭楞蒙古自治州工商行政管理局的直属机构，负责本行政区域内的工商行政管理工作。