藏巴哇乡位于卓尼县境东北端，辖地北接渭源县；东连漳县金钟乡；西以洮河与临潭县羊沙乡为界；南与洮砚乡、柏林乡接壤。全乡总面积232.1平方公里。平均海拔2300米。现辖6个村委会，20个村民小组。