海拉尔农牧场管理局作为农业部直属直供6大垦区之一，海局受农业部和呼伦贝尔市双重领导，副厅级建制。作为直属直供企业，部分生产物资计划在农业部单列，每年可从农业部获得部分贷款和投入。接受自治区农牧场管理局的业务领导和呼伦贝尔市的党政领导。垦区内部实行党政领导下的分工负责制。