马祖镇隶属四川省什邡市，位于成都平原西北部，北连灵杰镇，南接皂角街道、元石镇，西与南泉镇、云西镇接壤，东和双盛镇相邻，镇政府驻地地处东经104°12’，北纬31°09’，位于什邡市城区以北6公里处，全镇幅员面积23.89平方公里，辖2个社区、7个行政村，2000年总人口26375人。

马祖镇旧名兴隆场、两路口，1951年置兴隆乡，1958年改兴隆公社，1960年改称两路口公社，1983年改为两路口乡，1988年改建两路口镇，2005年更名为马祖镇，因纪念唐代佛教名人马祖而得名。

2014年，马祖镇实现农业总产值2.6亿元，农民人均纯收入12705元，规模以上工业总产值3.5亿元。

马祖镇是中国佛教著名人物马祖道一的故里，有“马祖故里”之称，是首批四川省试点小城镇之一，四川省十面红旗乡镇之一。