巴楚县阿瓦提镇位于县境南部，是全县最偏远的一个镇，距县城136公里，东南隔叶尔羌河与麦盖提县相望，南、西两面分别与莎车县、岳普湖接壤，北边与英吾斯塘乡邻，西北部为戈壁沙漠，居民集中在东南部居住。